時序進入秋冬，全球COVID-19疫情持續上升，多國單日確診人數屢創新高，我國境外移入個案亦有增加趨勢。為降低國內社區傳播風險，及避免造成醫療體系負擔，2020年12月1日將啟動「秋冬防疫專案」，強化「邊境檢疫」、「社區防疫」及「醫療應變」措施，請民眾及醫療院所配合落實。
邊境檢疫入境及轉機 須附3日內COVID-19
中央流行疫情指揮中心指出，國際疫情持續嚴峻，預期今年底及明年初入境旅客數將增加，為加強防疫安全，自2020年12月1日至2021年2月28日（啟程地時間），入境我國機場或經我國機場轉機的旅客，不論身分（本國籍與外國籍人士等）或來臺目的（求學、工作、外交公務等），均應檢附「表訂登機時間前3日（工作日）內COVID-19核酸檢驗陰性報告」，始可登機來臺，並將由交通部督導各航空公司確實把關。
若旅客抵臺後發現檢驗報告不實，或拒絕、規避、妨礙相關檢疫措施，得依傳染病防治法第58條及69條規定，處新臺幣1萬至15萬元罰鍰。檢驗報告不實部分，亦將追究偽造文書印文罪之刑責。
出入八大類場所應佩戴口罩 勸導不聽者依法開罰
考量秋冬時期除了COVID-19疫情外，也有多種呼吸道傳染病盛行，都會加重醫療體系的負荷與調度壓力，為了提高民眾於高感染傳播風險場所佩戴口罩的遵循度，以降低呼吸道傳染病的感染與傳播，及避免過度耗用醫療資源，指揮中心表示，自12月1日起，進入「醫療照護、大眾運輸、生活消費、教育學習、觀展觀賽、休閒娛樂、宗教祭祀、洽公」等八大類場所強制要求佩戴口罩。
未依規定佩戴口罩，經勸導不聽者，將依違反傳染病防治法第37條第1項第6款規定，由地方政府裁罰新臺幣3千元以上1萬5千元以下罰鍰。
加強通報採檢 訂定獎勵指標
指揮中心表示，為防範國內醫療體系於秋冬季面臨武漢肺炎及流感疫情之雙重負擔，秋冬專案中已將加強通報採檢列為重要防疫策略，並研擬四大措施，包括醫療院所落實法定傳染病通報義務；訂定「加強門診與急診社區感染肺炎病人篩檢」、「加強住院病人篩檢」及「強化醫療照護人員健康監測」等獎勵通報採檢指標；同時修訂無COVID-19相關症狀居家隔離/檢疫者之採檢及相關處理流程。
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